يتكون هذا المكتب من مجموعة من الموظفين الذين يتولون مهمة التوثيق لجميع ما يتعلق بشؤون المؤسسة وأرشفة سجلاتها وحفظها، وكذلك جميع ما يتعلق بالامور الحقوقية والقانونية وارتباط المؤسسة وكيفية تعاملها مع الادارات الرسمية في الدول التي يتواجد فيها فرع أو مركز تابع للمؤسسة، واستخدام القانونيين لتسيير شؤون المؤسسة وتسجيل الممتلكات وفق القوانين المرعية في هذه الدولة ام تلك، وذلك تحت عنوان "مؤسسة الإمام الخوئي الخيرية".

ويأخذ هذا المكتب بنظر الاعتبار اتساع مجال نشاطات المؤسسة وتباعد فروعها ومراكزها، لذلك يقوم المكتب من خلال موظفيه المعنيين بوضع نظام اداري يتلائم مع تسيير أعمال المؤسسة ومتابعتها ومراقبتها لاداء مهمتها كما ينبغي، كما عهد اليهم مسؤولية جلب الافراد العاملين في الحقول المختلفة ممن لهم الخبرة والكفاءة اللازمة.

ويرتبط بالمكتب السابق قسم الشؤون المالية أيضاً الذي يقوم بالاشراف على تنظيم السجلات المالية ووضع الميزانية العامة والموازنة السنوية للمؤسسة، لضبط الوارد والصادر وتنظيم المحاسبة العامة في المكاتب والفروع والمراكز ومراقبتها ضمن ما هو مخصص لكل منها.

كذلك يتولى هذا القسم مسؤولية إجراء العقود الرسمية وشراء الممتلكات التي تحتاجها المؤسسة، كما يتولى تنسيق العمل مع الاجهزة الحكومية الخاصة بمتابعة ومراقبة المؤسسات الخيرية في كل صغيرة وكبيرة من جهة الموارد المالية الداخلة أو الخارجة لضبطها والتأكد من انها لا تستعمل في غير مواردها. لذلك يقوم القسم بتنظيم الحسابات وتدقيقها، ومن ثم عرضها على الجهات الرسمية، وبما أن المؤسسات الخيرية معفية من دفع الضرائب الرسمية لوارداتها، كما لها بعض الامتيازات الاخرى، لذا تكون مراقبتها بنحو أدق وأشمل للتأكد من عدم استخدام العنوان الخيري لاغراض تجارية أو غيرها.